Frage:
Wie können Randeffekte in zellbasierten Hochdurchsatz-Experimenten reduziert werden?
Vebjorn Ljosa
2011-12-15 03:32:47 UTC
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In Hochdurchsatz-Experimenten, bei denen Zellen in Mikroplatten mit 384 Vertiefungen kultiviert, behandelt, gefärbt und abgebildet werden, sehe ich häufig signifikante Randeffekte. Das folgende Diagramm zeigt beispielsweise die Zellzahl (gemessen mit CellProfiler aus Bildern) für jede Vertiefung auf einer solchen Platte:

Example of edge effects

Wie Kann ich diese Effekte reduzieren? Ich kann versuchen, sie statistisch zu korrigieren, aber es wäre viel schöner, sie in der Nassarbeitsphase zu reduzieren.

Einer antworten:
#1
+12
Vebjorn Ljosa
2011-12-15 03:42:57 UTC
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Lundholt et al. beschreiben einen sehr einfachen Trick: Lassen Sie die Platten einige Stunden bei Raumtemperatur an der Luft ruhen, bevor Sie sie in den Inkubator stellen. Wir haben es ausprobiert, und obwohl die Farbskalen in den folgenden Darstellungen unterschiedlich sind, ist leicht zu erkennen, dass es wirklich hilft:

Transferred directly to incubator Left out for 1 h Left out for 2 h

(Dank an Sigrun Gustafsdottir und Kate Madden für das Testen.)

Ich habe einige Leute gesehen, die die Platte "gepolstert" haben, indem sie nur die 308 inneren Vertiefungen verwendet und die 76 Randvertiefungen nur mit Flüssigkeit gefüllt haben, aber ich Ich habe keine Daten darüber, wie gut das funktioniert.

Allison Tanner von Corning hat ein Kompendium von Techniken gesammelt, um das Auftreten unregelmäßiger Muster der Zelladhäsion oder des „Kanteneffekts“ in Mikrotiterplatten zu reduzieren . Kurz zusammengefasst:

  1. Vermeiden Sie Blasenbildung in den Medien, wenn Sie Zellen aussäen.
  2. Verwenden Sie Methoden zur Zellernte, die eine angemessene Vermischung der Zellen in den Medien und eine vollständige Dissoziation der Monoschicht fördern in einzelne Zellen.
  3. Samenzellen mit einer Dichte, die die Anhaftung und das Wachstum unterstützt.
  4. Ermöglichen, dass die Zellanhaftung in Medien der richtigen Formulierung für den bestimmten Zelltyp auftritt.
  5. Zellen in einem geeigneten Medienvolumen abgeben.
  6. Befolgen Sie strenge aseptische Techniken gemäß den anerkannten mikrobiologischen Praktiken.
  7. Kulturen sollten routinemäßig auf mycoplasmale Kontamination überwacht werden.
  8. Minimieren Sie den Zugang zu Inkubatoren, um Schwankungen in der inneren Umgebung zu verringern.
  9. Lassen Sie Zellen in den Mikrotiterplatten absetzen, während sich die Mikrotiterplatten auf dem Tisch befinden.
  10. Kultivieren Sie Zellen in einer Umgebung Dies reduziert die Bildung statischer elektrischer Ladungen.


Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
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