Frage:
Alternativen zu Ethidiumbromid zur Färbung kleiner Nukleinsäuren?
Mad Scientist
2012-01-03 21:35:28 UTC
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Während Ethidiumbromid gut zum Färben größerer einzelsträngiger RNA- oder doppelsträngiger DNA-Moleküle geeignet ist, färbt es kleinere Nukleinsäuren nicht sehr gut. Ich habe beobachtet, dass bei etwa 20 Basen und darunter einzelsträngige Nukleinsäuren mit EtBr-Färbung nur schwer zu erkennen sind, wenn die Nukleinsäuren hoch konzentriert sind.

Was sind gute Alternativen für die Beobachtung kleiner Nukleinsäuren in Polyacrylamidgelen? Die Hauptüberlegung wäre die Benutzerfreundlichkeit und sollte ohne ungewöhnliche Ausrüstung möglich sein.

Zwei antworten:
#1
+8
harpalss
2012-01-04 00:16:23 UTC
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Eine Liste der Farbstoffe finden Sie hier und eine Liste der für Nukleinsäuren spezifischen Farbstoffe finden Sie hier. Ich denke, Sie haben zwei Möglichkeiten: die SYBR Gold-Nukleinsäuregelfärbung (S11494), die unter UV-Licht nachgewiesen werden kann (nicht sicher, ob sie mit Polyacrylamidgelen verwendet werden kann). Ihre andere Option, die mit Polyacrylamidgelen verwendet werden kann, ist die SYBR Green II-RNA-Gelfärbung (S7564, S7568, S7586). Diese Färbung kann mit UV-Licht nach der Elektrophorese nachgewiesen werden. Es gibt RNA im Namen an, kann aber auch für ssDNA verwendet werden.

Hoffe das hilft

#2
+7
bobtheowl2
2012-01-04 07:44:34 UTC
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Ich würde denken, GelRed oder GelGreen wären auch eine Option. Sie behaupten, empfindlicher als EtBr und sicherlich weniger toxisch zu sein (sogar mehr als SYBR Green). Ich habe sie jedoch nicht persönlich gegen ein so kleines BP-Produkt eingesetzt. GelRed hat grundsätzlich die gleichen Anregungs- / Emissionswellenlängen wie EtBr, sodass keine Geräteänderung erforderlich ist.

Produktblatt

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Ich habe mehrere Leute darüber klagen hören, dass GelRed weniger empfindlich ist als EtBr. Außerdem ein interessanter Blogbeitrag über die Toxizität von EtBr und SYBR Green: http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html.
Interessant. Ich habe keinen Vergleich durchgeführt, daher kann ich nicht so oder so sprechen. Aber ich erinnere mich an einen ähnlichen Artikel vor einiger Zeit, in dem etwas Ähnliches gesagt wurde (EtBr ist nicht so schlecht wie Sie denken, und SYBR Green ist wirklich keine "sicherere Alternative", wie angekündigt).
Es gibt keine "sichere" DNA-Fluoreszenzfärbung. Der Farbstoff interkaliert zwischen Nukleotiden in der DNA und bleibt dort. Wenn dieses DNA-Segment später kopiert oder gelesen wird, führt dies zu Fehlern. Abgesehen davon interkaliert durchschnittlich ein EtBr-Molekül zwischen einem von drei Nukleotiden (1 EtBr / 3 Basen). Die Signalstärke für EtBr oder andere Farbstoffe ist direkt proportional zur Masse und Länge der DNA.


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