Frage:
Was sind begrenzende Faktoren für die Intronlänge?
Michael Kuhn
2011-12-15 14:36:33 UTC
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Um Gene aus einem sequenzierten Genom vorherzusagen, müssen Sie eine maximale Intronlänge festlegen. Wie lange können Introns in Tieren bleiben? Gibt es eine Grenze?

Ich weiß nichts über die maximale Länge, aber ich nehme an, dass für die minimale Größe die mechanischen Eigenschaften der DNA die begrenzenden Faktoren sind. Ab einer bestimmten Größe ist die DNA einfach zu steif, um die beim Spleißen erforderlichen Schleifen zu bilden.
Zwei antworten:
#1
+8
KAM
2011-12-22 23:33:31 UTC
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Ich denke, die obigen Werte (500-750 kb) sind falsch. http://www.bioinfo.de/isb/2004040032/ zeigt, dass die meisten Introns weniger als 10 kb groß sind (und die persönliche Erfahrung in Drosophila bestätigt dies - ich habe selten ein Intron gesehen, das größer als ungefähr 5 kb ist). Es gibt einige sehr große, aber da es fast unmöglich ist, die Spleißreaktion zu erkennen, insbesondere wenn sie sehr groß sind, ist nicht klar, ob sie als ein großes Intron gespleißt oder stattdessen rekursiv gespleißt werden (in kleinen Schritten, wie in http://www.genetics.org/content/170/2/661.full.pdf+html). Ich denke, es ist sicher zu sagen, dass wir nicht wissen, wie lange die größten Introns sein können.

#2
+6
GWW
2011-12-16 13:38:07 UTC
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Wenn Sie das menschliche Genom untersuchen, liegen ~ 99% der Introns unter 500 kb. Ich würde annehmen, dass eine Grenze zwischen 250 kb - 500 kb für die Genvorhersage angemessen ist. Sie können die richtige Struktur einer kleinen Anzahl von Genen mit diesen sehr großen Introns falsch vorhersagen, dies sollte jedoch eine kleine Anzahl sein. Darüber hinaus neigen die meisten gängigen Sequenzaligner dazu, eine Intronlängengrenze zwischen 500 kb und 750 kb festzulegen.

Denken Sie daran, dass Sie möglicherweise die Anzahl der falsch positiven Introns erhöhen, die Sie erkennen, wenn Sie diese Grenze auf hoch setzen. Daher kann es sinnvoll sein, einige Einstellungen vorzunehmen und die Ergebnisse auszuwerten.

BEARBEITEN:

Ich vermute, dass größere Introns bei Säugetieren aus zwei Gründen eingeschränkt sind

  • Sie sind für das Spleißosom schwieriger zu entfernen. Das Spleißosom kann an den richtigen 5 '/ 3'-Spleißstellen und an der Verzweigungspunktstelle eine reduzierte Anordnung aufweisen. Es besteht auch eine höhere Wahrscheinlichkeit, dass es kryptische / Täuschungsspleißstellen innerhalb des Introns gibt.
  • Sie verlängern die Zeit, die für die Transkription des Gens benötigt wird


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