Frage:
Alternative genetische Codes in neu sequenzierten Organismen
Daniel Standage
2011-12-22 11:35:08 UTC
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Variationen des genetischen Standardcodes sind ziemlich selten, aber da die Kosten für die Genomsequenzierung mit hohem Durchsatz weiter sinken, besteht eine größere Möglichkeit, zusätzliche Ausnahmen zu entdecken. Abgesehen davon liegt in Genomprojekten ein klarer Schwerpunkt auf der Sequenzierung von Nukleotiden (Genom und Transkriptom), wobei viel weniger (wenn überhaupt) Aufwand für die Proteomik aufgewendet wird (korrigieren Sie mich, wenn ich mich dort irre).

Nehmen wir an, wir sequenzieren das Genom eines neuen Organismus und konzentrieren uns vollständig auf die Genom- und Transkriptomsequenzierung - keine Proteomik. Nehmen wir auch an, dass dieser Organismus geringfügige Abweichungen vom genetischen Standardcode aufweist. Wäre es möglich, dieses Genom (für proteinkodierende Gene) völlig falsch zu annotieren, da die Software zur Genvorhersage diese Variationen nicht berücksichtigt, oder wäre dies ziemlich offensichtlich? Was würden Sie in diesem Fall erwarten?

Ihre Frage ist sehr vage. Können Sie spezifischer und / oder konkreter sein? Es gibt ein Dutzend Sequenzierungstechnologien und noch mehr Variationen des genetischen Codes.
Vielleicht liegt die Unbestimmtheit daran, dass ich nicht weiß, was mich erwartet, wenn ich versuchen würde, das Genom eines Organismus zu kommentieren, der einen alternativen genetischen Code verwendet. Meine grundlegende Frage lautet: Kann ich das überhaupt sagen? Ist das nicht aus der ursprünglichen Frage klar?
Ich denke, das ist eine klare Frage.
Drei antworten:
#1
+6
chkuo
2012-01-06 00:34:08 UTC
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Wenn der Organismus einen alternativen Code verwendet, würden die vorhergesagten Proteinsequenzen immer die gleiche Art von Aminosäuresubstitutionsfehlern enthalten. Dieses Muster sollte deutlich werden, wenn Sie die Proteine ​​mit anderen Organismen vergleichen. In Wirklichkeit verwendet der häufigste alternative Code UGA für Tryptophan anstelle des üblichen Stopps. Wenn Sie den Fehler machen, den Standardcode für diese Genome zu verwenden, werden die vorhergesagten Gene stark fragmentiert, sodass es fast unmöglich ist, dies nicht zu bemerken.

#2
+3
KAM
2011-12-22 19:45:44 UTC
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Sie haben Recht, ein wenig besorgt zu sein, insbesondere mit mitochondrialen Genomen (wo nicht standardmäßige genetische Codes häufiger vorkommen). Zusätzlich zur Verwendung von Nicht-Standard-Codes sollten Sie auch die RNA-Bearbeitung (geänderte Codons oder deletierte / inserierte Nukleotide, um Leserahmen zu verschieben) und spezielle Aminosäuren (z. B. Selenocystein) in Betracht ziehen. Alles in allem ist die Betonung der DNA-Sequenz zur Schlussfolgerung der Proteinstruktur in den meisten Fällen sicher, aber lassen Sie sich nicht von Unterschieden (für bestimmte Gene oder für ganze Organismen) überraschen.

#3
+2
Thomas Ingalls
2011-12-22 13:09:47 UTC
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Die kurze Antwort lautet: Ja, es können viele Fehler auftreten. Weitere Informationen finden Sie hier:

NCBI: "The Genetic Codes"



Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
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