Frage:
Wann kann BLAST 2 DNA-Sequenzen nicht ausrichten?
ablmf
2011-12-17 01:07:09 UTC
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Dies ist eine Aufgabe, die mich lange verwirrt hat. Ich denke, ihr, die Computational Biology studieren, könnte interessiert sein. Die ursprüngliche Frage lautet:

Finden Sie die beiden ähnlichsten DNA-Sequenzen der Länge 20, die Blast mit einer Wortlänge von 5 nicht ausrichten kann.

Zwei antworten:
#1
+14
user59
2011-12-17 01:56:42 UTC
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BLAST findet eine perfekte Übereinstimmung zwischen Sequenzen mit einer Länge, die dieser "Wortlänge" entspricht, und vergrößert sie dann auf standardmäßige Weise. Ohne dieses perfekt übereinstimmende Wort gibt es jedoch keine Ausrichtung.

In Ihrem Fall müssen Sie also nach zwei 20-bp-Sequenzen ohne gemeinsame 5-bp-Subsequenz suchen. Zum Beispiel:

  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  

und

  AAAACAAAACAAAACAAAAC  
Ja, das ist die Standardantwort. Beachten Sie jedoch, dass BLAST mit Protein anders funktioniert. Deshalb hat es mich eine Weile verwirrt.
Ist "Wortlänge" == k-Tupel?
@StudentT Genau k in k-Tupel.
#2
-1
user1503
2012-10-08 02:18:06 UTC
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Ich bin nicht sicher, ob ich BLAST richtig verstehe.

Bei Verwendung von BLAST in DNA und Protein sind sie unterschiedlich. Es gibt einen Schwellenwert T im Protein "Seeding" -Schritt, was bedeutet, dass die Seeding-Sequenz nicht perfekt übereinstimmt. Es scheint jedoch, dass es im Seeding-Schritt kein T gibt, und wir suchen nach einer perfekten Übereinstimmung und erweitern sie auf die benachbarte Sequenz.

Wenn zwischen diesen beiden Sequenzen keine exakte Übereinstimmung der Wortlänge 5 besteht, schlägt BLAST fehl.

Ich fürchte, ich verstehe nicht, was Sie hier sagen wollen. Kannst du das bitte klären?


Diese Fragen und Antworten wurden automatisch aus der englischen Sprache übersetzt.Der ursprüngliche Inhalt ist auf stackexchange verfügbar. Wir danken ihm für die cc by-sa 3.0-Lizenz, unter der er vertrieben wird.
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