Mikrosatellitenverschiebungen (Peak Calling) GeneMapper! Diplomarbeit helfen!

Sarah

2014-08-28 14:52:17 UTC

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Ich bin ein Masterstudent, der versucht, für meine Diplomarbeit eine Elternanalyse für eine Fischpopulation durchzuführen. Mein Berater und meine Post-Docs waren nicht sehr hilfreich, deshalb brauche ich Hilfe! Ich habe Dinukleotid-Mikrosatelliten-Marker, die ich an einer Reihe von Personen durchgeführt habe.

Ich verwende GeneMapper 4.0, um die Allele dieser Marker zu bewerten, aber etwas macht keinen Sinn. Meine Allele werden dahin verschoben, wo sie in ihrer Größe nicht gleichmäßig verteilt sind. Zum Beispiel habe ich an einem bestimmten Ort für ein Individuum einen Allelpeak bei 152, während der andere Allelpeak bei 161 liegt (es ist eine offensichtliche Heterozygote).

Diese "Verschiebung" macht keinen Sinn, wenn man bedenkt, dass meine Marker Dinukleotid sind und 2 bp voneinander entfernt sein sollten, oder? Also ist entweder 152 tatsächlich 151/153 oder 161 tatsächlich 162/160. Wie kann ich diese bewerten und dieses Problem beheben, während die Konsistenz für meine spätere Analyse erhalten bleibt? Ich sehe diese Verschiebung überall und habe bereits eine Kontamination ausgeschlossen und bin mir sicher, dass diese Spitzen real sind. Gibt es Leute, die eine Ahnung haben, was zu tun ist?

Ich bin seit Wochen dabei, keine Menge an Websuche / Papierlesen hat geholfen. Danke!

@MikeTaylor Vielen Dank! Ich bin wirklich froh das zu hören. Meine Peaks sind wunderschön, aber es gibt so viele Verschiebungen, dass ich nicht sicher bin, wie ich eines der beiden Allele erzielen soll. Soll ich das ungerade gerade oder das gerade ungerade machen? Ich benutze GeneMapper, wenn Sie Erfahrung damit haben, würde ich mich sehr über einen Rat freuen! Nochmals vielen Dank!

Sie müssen die Allelgröße nicht ändern. Gibt es einen Grund, warum Sie die von der Software aufgerufenen Größen nicht verwenden können, unabhängig von der ungeraden oder geraden Größe?

Hier ist eine andere Möglichkeit, darüber nachzudenken. Angenommen, die Allele der Vorfahren hatten alle gerade Größen, aber Sie wissen nicht, wie groß sie waren. Nach dem Wiederholungsbereich tritt ein Indel auf. Bei einem Löschvorgang wird die Größe um eins verringert. Bei einer Einfügung wird die Größe um eins erhöht. Im Allgemeinen können Sie nicht feststellen, ob die Änderung auf ein Einfügen oder Löschen zurückzuführen ist. Deshalb sollten Sie die Allelgröße nicht ändern. Sie ändern Daten basierend auf nicht überprüfbaren (und unnötigen) Annahmen.

@MikeTaylor Vielen Dank für Ihre Antworten! Ich vertraue dem automatischen Binning und Aufrufen der Peaks in der Software nur deshalb nicht, weil dasselbe Allel uneinheitlich als unterschiedliche Größen bezeichnet wird, wenn es geringfügig verschoben ist. Ich weiß, dass ich über alle meine Proben hinweg, die durchgehend gleich sind, den gleichen Peak beibehalten muss, aber das Seltsame / Gerade machte mir aus Gründen der Inkonsistenz Sorgen. Ich zögere jetzt nicht so sehr, einen geraden Peak zu nennen, selbst wenn der Rest ungerade ist, solange ich diesen Peak konsequent so groß nenne, denke ich. Vielen Dank für all Ihre Hilfe, Mike!