Nach dem Senden einer DNA-Probe zur Sequenzierung hatte die resultierende Sequenz am Anfang und am Ende der Sequenz Ns. Ich weiß, dass die N bedeuten, dass der Computer nicht sagen kann, was das Basispaar ist, aber warum ist das so?
In der Regel treten bei der Sanger-Sequenzierung einige Fehler auf. Manchmal überlappen sich die Spuren wie unten in Rot und der Computer ruft N. Wenn Sie wirklich das richtige Basispaar herausfinden möchten, können Sie sich die Spur ansehen.
Wie Sie genau angegeben haben, bedeutet N Basen in Sequenzdaten im Allgemeinen, dass die Software die Basis nicht identifizieren kann. N Basen können aus einer Reihe von Gründen am Anfang des Sequenzergebnisses erscheinen. Ein Grund wäre die Reinigung des amplifizierten Produkts vor der Elektrophorese. Salze in der Probe oder eine schlechte Reinigung können überschüssige Farbstoffe in der Probe hinterlassen und als "Farbstoffkleckse" erscheinen. Ein weiterer Grund ist, dass die Software möglicherweise zu früh mit der Analyse begonnen hat, bevor die genaue Sequenz beginnt. Typischerweise beginnen Qualitätssequenzdaten 30 Basen vom Primer entfernt. N Basen am Ende der Sequenz könnten einfach das Ende der Sequenzdaten sein, wie zuvor angegeben. Andere Gründe sind Haarnadelschleifen und Poly-Base-Regionen, die eine vorzeitige Beendigung verursachen. Der beste Weg, um die Ursache zu bestimmen, besteht darin, sich die Trace-Daten anzusehen.