Sie könnten verschiedene Dinge tun: Zuerst könnten Sie, wie Sie selbst sagen, das gesamte Genom der Stämme aus einem Biofilm sequenzieren und diese mit einigen vergleichen, die keine Biofilme bilden. Dies kann Ihnen eine Vorstellung davon geben, welche Gene beteiligt sind, wenn sie im "Biofilmgenom" vorhanden sind, aber nicht im anderen. Der Beweis wäre, diese Gene entweder durch Entfernen oder Mutieren oder durch Gen-Silencing-Techniken zu zerstören und zu sehen, was das Ergebnis ist.
Es ist auch möglich, dass nur eine Mutation in einem Gen, das in der Probe und im Kontrollgenom vorhanden ist, den Unterschied macht. Dann würde eine ortsgerichtete Mutagenese helfen, die wichtigen Gene zu identifizieren.
Die zweite Möglichkeit besteht darin, dass es keinen wirklichen Unterschied in der Probe und im Kontrollgenom gibt und der Unterschied für die Entwicklung eines Biofilms "einfach" in der liegt Unterschied der Genexpression. Dann würde die Isolierung von RNA (entweder Gesamt- oder nur mRNA) helfen, beteiligte Gene zu finden. Wenn die Umgebung den Unterschied für die Entwicklung eines Biofilms ausmacht, sollten der Biofilm und die Kontrollzellen keinen (oder fast keinen) Unterschied in ihren Genexpressionsprofilen aufweisen, wenn sie unter identischen Bedingungen kultiviert werden. Anschließend müssen Sie die Genexpression auf verschiedene Umweltbedingungen (einschließlich solcher, die die Entwicklung von Biofilmen begünstigen) testen, um die beteiligten Gene zu finden.
Dieser Vergleich der verschiedenen Bedingungen liefert dann Gene, die in der Biofilmgruppe eindeutig oder stärker exprimiert werden, viele Gene, deren Expression mit der Kontrollprobe vergleichbar ist, und einige Gene, die eine niedrigere aufweisen Ausdruck als die Kontrolle. Es lohnt sich nun, die höher (oder einzigartig) und niedriger exprimierten Gene zu untersuchen, ihre Funktion herauszufinden und sie dann zu mutieren, um ihre Funktion auf die Bildung eines Biofilms zu überprüfen.
Zusätzlich besteht die Möglichkeit, dass sich die für die Biofilmbildung erforderlichen Gene auf einem extrachromosomalen Plasmid befinden. Ich würde auch die im Biofilm und in der Kontrollprobe vorhandenen Plasmide überprüfen, sie sequenzieren (falls vorhanden) und sehen, welche Gene sie exprimieren. Die Funktion für die Biofilmbildung kann leicht mit einer einfachen Transformation getestet werden