Ich habe kürzlich ein Nature Methods-Papier von Moon T.S. et al , in dem eine synthetische genetische Schaltung aus geschichteten Logikgattern erstellt wurde. In dem Papier ist beispielsweise eine Schaltung in Abbildung 4a modelliert. Wie wird diese Schaltung rechnerisch modelliert? Können Sie mich auf Texte für Hochschulabsolventen zu diesem Thema verweisen?
Die folgenden Artikel sind ein guter Ausgangspunkt:
René Thomas, Boolesche Formalisierung genetischer Kontrollkreise, Journal of Theoretical Biology , Band 42, Ausgabe 3, Dezember 1973, Seiten 563-585 < = Ein klassisches Papier auf diesem Gebiet.
Thieffry D. Dynamische Rollen biologischer Regelkreise. BriefBioinform. 2007 Jul; 8 (4): 220-5.
Sie können sich auch Computational Methods in Systems Biology, Internationale Konferenz CMSB ansehen 2007, Edinburgh, Schottland, 20.-21. September 2007. Verfahren, insbesondere das Kapitel "Entscheidungsdiagramme zur Darstellung und Analyse logischer Modelle genetischer Netzwerke" von A. Naldi, D. Thieffry und C. Chaouiya,
Ich würde auch Uri Alons Eine Einführung in die Systembiologie vorschlagen.
Persönlich habe ich gelernt, JJ Tysons Werk zu verwenden, und ich würde insbesondere Sniffer, Buzzers, Toggles und Blinker empfehlen: Dynamik der Regulations- und Signalwege in der Zelle