Frage:
Enzymatische Fehlerrate
efrem
2015-02-16 03:16:03 UTC
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Mir ist bekannt, dass jedes Enzym eine bestimmte Menge an Fehlprodukten erzeugt. Dies ist beispielsweise für die DNA-Polymerase gut dokumentiert.

Ich interessiere mich für Enzyme, die an biochemischen Prozessen beteiligt sind, beispielsweise Methytransferase , Oxidoreduktase, Carboxylase und so weiter. Ich habe nach einer Referenz gesucht, die die Fehlerrate oder die Menge an Fehlprodukten für eines dieser Enzyme angeben könnte, aber ich war nicht erfolgreich.

Kennt jemand eine Referenz? Melden Sie die Fehlerrate oder andere Informationen über das durch diese Enzyme erzeugte Fehlprodukt?

BEARBEITEN

Ich werde versuchen, meine Frage etwas besser zu klären. Nehmen wir an, wir betrachten ein Enzym, das einem Molekül eine Methylgruppe hinzufügt. Wir können beispielsweise Propionsäure wählen. Theoretisch würde das richtige Produkt aus der Zugabe eines Methyls zum C3 stammen. Für die biochemische Studie wissen wir, dass die Aktivierungsenergie durch ein Enzym verringert wird, indem beispielsweise die Moleküle so ausgerichtet werden, dass sie mit dem zweiten Molekül reagieren. Wenn das betreffende Enzym das Molekül nicht richtig ausrichten kann, besteht daher eine gewisse Wahrscheinlichkeit, dass es zu einem Fehlprodukt kommt. Beispielsweise könnte die Methylgruppe zu C2 und nicht zu C3 hinzugefügt werden. Jetzt. Die Wahrscheinlichkeit für diesen Prozess ist recht gering, kann aber nicht ausgeschlossen werden. Meine Frage ist, ob über diese Art von Fehlerraten bei den verschiedenen Arten von Enzymen etwas bekannt ist.

Ich hoffe, dass dies der Fall ist Dinge etwas klarer

BEARBEITEN 2

Betrachten wir die folgende Vorstellung, die von hier

enter image description here

In B sehen Sie die Wechselwirkung des aktiven Zentrums des Enzyms mit einem Substrat (zum Beispiel spielt es keine Rolle, ob es sich um das reale Substrat oder einen Inhibitor handelt). Ich würde sagen, dass unter allen möglichen Wechselwirkungen, die dieses aktive Zentrum mit Substraten herstellen kann, einige viel wahrscheinlicher sind als andere. Ein hypothetisches Diagramm könnte unter Berücksichtigung der freien Energie des komplexen Enzymsubstrats erstellt werden. Je höher die freie Energie, desto geringer die Stabilität. Daher haben wir unter allen möglichen Enzym-Substrat-Kombinationen nur wenige Möglichkeiten, die eine niedrige freie Energie aufweisen. Zuerst werden wir das "richtige" Substrat finden, dann werden wir eventuelle Konkurrenten und andere Moleküle finden, die ähnliche chemische Eigenschaften wie das Substrat haben. Obwohl mit geringer Wahrscheinlichkeit diese Wechselwirkung, Enzym-Konkurrenten, auftreten wird. Dies könnte zur Bildung eines "unerwünschten Produkts" führen, das ich in meiner Frage als "Fehlprodukt" bezeichnet habe.

Ich bin am Lesen interessiert Einige Artikel, die dieses Phänomen betrachten und auch seine Rate quantifizieren. Ich bin auch neugierig, ob dieses Phänomen mit unterschiedlichen Raten in unterschiedlichen Enzymen auftreten kann.

Ich denke, diese Enzyme sind unterschiedlich. Es gibt eine chemische Reaktion, die sie katalysieren und die daher stattfinden wird oder nicht. Dies ist anders für die DNA-Polymerase, bei der 4 verschiedene Nukleotide eingebaut werden können (was die Möglichkeit einiger Fehler erhöht).
Es kann sicherlich andere Enzyme als Polymerasen geben, die fehlerhafte Reaktionen katalysieren. Als Beispiel fallen sofort Aminoacyl-tRNA-Synthetasen ein. Einige haben sogar Korrekturmechanismen, um Fehler zu korrigieren.
DNA pol erscheint nur deshalb anders, weil das Enzym in gewissem Sinne durch den Matrizenstrang beeinflusst wird. Die katalysierte chemische Reaktion ist immer noch eine chemische Reaktion
Bitte lassen Sie uns wissen, wenn Sie ausreichende Antworten finden. Ich denke, diese Frage ist wichtig
Wenn Sie Referenzen für das gesamte Enzym fragen, befürchte ich, dass diese Frage so weit gefasst wird. Ich gebe Ihnen ein Beispiel und die Grundidee hinter dem Problem. Sie können nach den anderen Fällen suchen.
Ich denke, Sie sollten klarstellen, was Sie mit Fehler meinen: a.) Das Enzym verwendet ein anderes Substrat und das Ergebnis ist ein anderes Endprodukt. B) Das Enzym verwendet dasselbe Substrat und das Ergebnis ist ein anderes Endprodukt. Ich denke, b.) Ist anders, aber ich weiß vielleicht nicht alles über Enzyme.
@WYSIWYG Ich bitte um eine Referenz, die das von mir als Beispiel angegebene Problem berücksichtigt. Es wäre sehr hilfreich, einen Vorschlag als Hinweis zu haben
@efrem Ich kenne kein Beispiel aus meinem Hinterkopf. Muss danach suchen. Im Allgemeinen ist es unwahrscheinlich, was Sie fragen, da es selten vorkommt, dass ein Molekül viele ähnliche Gruppen aufweist, in denen die Reaktion stattfinden soll.
Vier antworten:
WYSIWYG
2015-03-01 15:19:09 UTC
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Zunächst ist es wichtig zu definieren, was tatsächlich ein Fehler ist. Was Sie als Fehlprodukt bezeichnen, ist eigentlich das richtige Produkt für ein anderes Substrat. Das Enzym hat eine geringe Spezifität; Sie werden jedoch nicht sagen, dass Hexokinase fehleranfällig ist, da sie eine breite Substratspezifität aufweist. Die Frage ist - ist die Spezifität kritisch?

Beim Beispiel der DNA-Polymerase sollten Sie beachten, dass die DNA-Polymerase dem DNA-Strang nur ein Nukleotid hinzufügt. Hier wirkt der Matrizen-DNA-Strang wie ein Coenzym und es ist die Matrizen-DNA, die der Reaktion Spezifität verleiht. In diesem Fall ist die Spezifität wirklich kritisch und es gibt Mechanismen, die dazu beitragen, dies sicherzustellen.

Andere Enzyme machen ebenfalls Fehler, und die Wahrscheinlichkeit, Fehler zu machen, hängt von verschiedenen Parametern ab. Nehmen wir das Beispiel von Restriktionsenzymen, die an einer bestimmten Stelle schneiden sollen. Wenn diese Spezifität verloren geht, sagen wir, dass das Enzym eine "Sternaktivität" zeigt, d. H. Eine unspezifische Spaltung. Dies hängt von verschiedenen Parametern wie Pufferzusammensetzung, Enzymkonzentration usw. ab. Im Allgemeinen wird eine Spezifität aufgrund der im Vergleich zum anderen hohen Bindungsaffinität gegenüber einem Molekül bereitgestellt. Diese Bindungsreaktionen sind zweiter Ordnung - ein Substrat mit hoher Affinität bindet bereits bei niedriger Konzentration an das Enzym. Wenn Sie jedoch die Konzentration des Substrats mit niedriger Affinität oder des Enzyms erhöhen, kann die Bindungsrate irgendwann signifikant genug sein, um Erstellen Sie ein "falsches" Produkt.

Manchmal gibt es Fälle, in denen das Enzym an ein falsches Substrat binden kann, aber kein Produkt erstellen kann. Dies ist der typische Fall eines kompetitiven Inhibitors. Es ist auch möglich, dass ein bestimmtes Molekül gut bindet, aber die Umwandlungsrate langsamer ist.

Zusammenfassend lässt sich sagen, dass diese Art von "Fehlern" bei vielen Enzymen auftreten, aber im Falle einer DNA-Polymerisation sehr kritisch sind. Sie können Informationen über die Sternaktivität von Restriktionsenzymen erhalten (einfach googeln).

March Ho
2015-03-01 20:50:32 UTC
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Rubisco ist ein Enzym, das am biochemischen Prozess der Kohlenstofffixierung bei der Photosynthese beteiligt ist, aber auch einen wirtschaftlich wichtigen Fehler ( Photorespiration) aufweist, der das falsche Molekül enthält ( Sauerstoff) in RuBP, wodurch die von der Pflanze aufgenommene Energie verschwendet wird und giftige nachgeschaltete Produkte entstehen.

Rubiscos Fehlerrate bei der Kohlenstofffixierung liegt zwischen ungefähr 1:10 und 1:80.

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Ich danke Ihnen sehr für Ihre Antwort. Das Papier, auf das Sie sich beziehen, enthält jedoch weder Informationen zur Fehlerrate noch zur Tabelle. Habe ich etwas verpasst oder haben Sie diese Daten woanders aufgenommen?
@efrem Rubisco macht einen Fehler, wenn es Sauerstoff anstelle von Kohlenstoff enthält, und daher beträgt die Fehlerrate Vc / Vo.
rhill45
2015-02-22 11:46:01 UTC
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Chris ist genau hier, Polymerasen erzeugen Sequenzen, die Enzyme, nach denen Sie fragen, führen eine einzige Art von Reaktion aus, sodass Sie ihre Aktivität und nicht ihre Genauigkeit beurteilen würden. Eine gute Ressource, die ich gefunden habe, um QC-Daten für solche Enzyme zu untersuchen, sind nur die Produktbeilagen des Herstellers. Die NEB zum Beispiel scheint meiner Meinung nach im Allgemeinen ausreichende QC-Daten bereitzustellen. Zum Beispiel:

https://www.neb.com/~/media/Catalog/All-Products/B2D1E3A4F480489EAD7A1CD43E164DA0/Datacards%20or%20Manuals/M0233Datasheet-Lot0031209-1. a>

Die DNA-Polymerase führt auch eine einzige Art von Reaktion durch, nämlich eine kovalente Bindung zwischen dNTP und DNA, wobei die Diphospatgruppe $ PP_i $ freigesetzt wird
aaaaa says reinstate Monica
2015-02-23 05:45:38 UTC
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Da chemische Reaktionen von der Quantenphysik bestimmt werden, gibt es eine ganze Reihe von Produkten, die beim Mischen mehrerer mehratomiger Moleküle entstehen können. Und all diese haben eine Eintrittswahrscheinlichkeit ungleich Null. Diese Wahrscheinlichkeit ist jedoch bei normalen Temperaturen extrem gering, sodass Sie diese Produkte nicht sehen.

Enzyme senken die Aktivierungsenergie und erhöhen so die Reaktionschance, jedoch nur für bestimmte Substanzen und Produkte (räumliche Position der Reagenzien) Ergebnis beeinflussen). Im Falle einer DNA-Replikation geschieht die Insertion eines falschen Nukleotids, weil der Enzym / Matrizen-Nukleotidkomplex nicht ausreichend spezifisch ist. Alle 4 Nukleotide haben eine ziemlich hohe Wahrscheinlichkeit, an der Reaktion teilzunehmen (aber Fehler liegen immer noch in der Größenordnung von $ 10 ^ {- 6} $ und darunter).



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